その時ガイアが動いた。
彗星による衝突で、間違った方向へ進みつつある地球をリセットしたのだ。
巨大彗星の衝突により多くの生き物たちはダンソーとともに滅び、あらたに哺乳類たちの世界が始まった。
しかし、ダンソーは滅びていなかった。邪悪なものと取引したダンソーは地中深くその存在を隠し、復活の時を待った。
時は過ぎ西暦84年。時の天皇、景行天皇は熊襲の反乱を治めるために九州へ巡行したが、西暦88年現在の御船の地にその船が着岸する。
その時景行天皇は、神からの啓示を受け取ることになる。啓示の内容は、ダンソーに関するものであった。「500年後この九州の地にて大規模な地震が発生し、多くの民がその犠牲になる」という内容であったが、その指令は古代から生きている生物によって伝えられた。
その、生物とは、田に生息するカブトエビであった。
カブトエビはその節足の動きで神の神託を伝えてきた。そのメッセージに気がついた景行天皇は、ダンソーと戦う力をフネリュウの化石に転写して、その内容を神代文字で石に刻み後世に伝えることにした。その化石の事を彼らは「力を運ぶ船」と呼んだ。
そしてその事を忘れることが無きよう、その地を「御船」と名付けたのだ。
西暦697年白鳳地震が九州の地を襲った。それにより多くの土地が水没し、多くの住民たちがその犠牲となった。しかし、この時「船」が見つかることは無かった。見つかったとしてもその当時の住民ではその価値は理解できず、メッセージを受け取る準備が出来ていなかったのだ。
この時ダンソーも十分な復活を遂げていたわけではなかった。巨大な地震を起こしたことで自らのエネルギーも枯渇してしまい再び地下に潜ることになる。
西暦1979年8月5日御船層群の露頭で貝の化石を採取していた住民は見たこともない歯のような化石を発見した。その化石には何かがあると直感した住民は熊本大学にその分析を依頼し、それが白亜紀後期セノマン期の肉食恐竜のものであることが発表された。
日本におけるはじめての肉食恐竜の骨であった
環境破壊などによる影響で地球の生態系が崩れはじめていた2016年。その年の4月14日、復活の時を待っていたダンソーが再び地上に現れた。すでに地殻変動で地上に出ていた断層のある御船町付近が震源地となる。
しかし、あまりに長い時間を地中で過ごしたダンソーはすでに実態を持たないエネルギー体に変化していた。2度にわたる大規模なダンソーのエネルギー体の出現は街を破壊し、人々の生活を奪っていった。
御船の地を訪れたフューチャー・クライプ・ユミによって、御船川の川底の石に刻まれた神代文字を解読した住民たちは、保存されていたミフネリュウの化石の元へと向かった。
その化石の前で唱えられた呪文により、化石に転写されていた恐竜たちの力が発現し、住民たちに勇気を与えた。
彼らは「御船恐竜人」と呼ばれリーダから恐竜名を授かり、御船の再興に取り組んでいく。
神代文字のメッセージは告げる。